La rivista storica della Fondazione nasce nel dicembre 1945, improntata ad un carattere di sprovincializzazione della cultura architettonica e della politica urbanistica. Rappresenta una ventata di rinnovamento nei riferimenti culturali, nei temi, nelle proposte con cui affronta la ricostruzione e una serie importante di altri argomenti su cui Michelucci era già intervenuto con gli scritti degli anni precedenti e su cui aveva aperto un confronto con altri intellettuali negli anni della guerra. La rivista, subito dopo la Liberazione, diventa punto di riferimento di energie intellettuali di grande spessore, i dibattiti che precedono i numeri sono frequentati da personaggi di rilievo del mondo culturale toscano del dopoguerra. Dopo la prima serie (1945-1946), tra il 1948 ed il 1949 Michelucci pubblica un'altra rivista - Esperienza artigiana - che precede la seconda serie (1952-1953). Nella terza serie (1954) collabora con lui un gruppo di intellettuali marxisti (Serani, Ramat, Bianchi, Bandinelli) con cui si apre il confronto sulla politica urbanistica.

I temi complessivamente affrontati nelle prime tre serie de La Nuova Città sono quelli del programma di ricostruzione contrapposti a quelli della liberalismo selvaggio e speculativo, ma anche quelli della ricostruzione senza restaurazione e della coralità senza autoritarismo, il superamento della filosofia idealistica e dell’estetica crociana, l’affermazione di un nuovo umanesimo nell’architettura, il rinnovamento dell’urbanistica, il rapporto tra architettura e società.
La rivista diretta da Michelucci è improntata da grande vitalità culturale, da un piccolo formato e da una veste grafica raffinata, a cui collabora Gualtiero Nativi, seppure in economia austera. Purtroppo l’alluvione del 1966 ha distrutto gli archivi della redazione con le sue preziose testimonianze. Si deve alla casa editrice Tellini la ripubblicazione quasi completa nel 1975 dei testi delle prime tre serie della rivista, altrimenti introvabili.

Nel 1955, la piccola rivista si inabissa per lungo tempo. Michelucci non ritrova le condizioni per una sua prosecuzione: lo sviluppo della città è dominato dalla lunga stagione della quantità, e l’architetto, uomo del dubbio, non ha le certezze di altri sulla forza risolutrice del Piano.
Nella sua azione progettuale si misura direttamente con i temi della città contemporanea e con la battaglia di idee che questi suscitano. Il rapporto tra spazio pubblico e privato, il rapporto tra città e architettura, la città del dialogo, la ‘città tenda’ divengono un naturale terreno di incontro coi contenuti dell’azione di don Lorenzo Milani e padre Ernesto Balducci. Riflette e disegna sulla ‘città variabile’, gli elementi e le radici della città.

La rivista riprende le pubblicazioni molti anni dopo, nell’aprile del 1983, dopo la costituzione nel 1982 della Fondazione e la definizione di un programma di attività che amplia le precedenti iniziative del Centro studi la Nuova Città. La presenza in redazione di Guido De Masi, il ruolo di rilievo del comitato scientifico (di cui sono parte, tra gli altri, Ernesto Balducci, Alessandro Margara, Gian Paolo Meucci), rappresentano un valido sostegno per il rinnovato impegno di direttore assunto da Michelucci, che con l’editoriale “Da che parte sto” chiarisce il taglio della rivista, rivolto ad un ripensamento della città contemporanea, ad una ripresa del dibattito sull’organismo urbano, a partire dai suoi luoghi rimossi, come le istituzioni totali, o irrisolti come la scuola, gli ospedali, la periferia.

Al numero dedicato a “Carcere e città” seguono quelli dedicati a “Scuola e periferia”, “Città e follia”. Temi difficili e spesso messi ai margini su cui La Nuova Città ricerca l’approfondimento ed il confronto per comprendere “ordine e disordine” ed uscire dal labirinto della “città introvabile” nella cura, nell’assistenza, nella vita delle persone.
Le certezze sulla forza risolutrice del Piano si sono esaurite, l’Italia ha drammaticamente vissuto “gli anni di piombo”, la riforma promossa da Basaglia con la chiusura degli ospedali psichiatrici non è sorretta da un adeguato impegno istituzionale e civile per la realizzazione dei servizi territoriali, la scuola ha perso il suo ruolo strategico nella scala dei valori che si stanno affermando e le periferie urbane presentano il conto della promessa mancata di città.
Una parte dell’architettura si balocca con il post-modern che contribuirà a rendere più allucinanti una serie di agglomerati urbani. Per la città è la stagione dei grandi progetti, dei workshop, dell’architettura firmata.

La quinta serie della rivista riparte nel 1986 con un numero dedicato ad un progetto di “giardino degli incontri” nel carcere di Sollicciano, progetto di spazio pubblico redatto con un gruppo di detenuti. Nei numeri successivi si occupa dei temi del recupero del paesaggio urbano, dai territori devastati dall’utilizzo speculativo delle risorse, agli ex-complessi carcerari, ai parchi dei manicomi dismessi, alle sedi degli ospedali psichiatrici giudiziari. Si interessa di nuovi fenomeni come i campi nomadi ai margini della città. La Fondazione sviluppa una serie di progetti “sul limite” ed organizza un convegno ed un lungo ciclo di seminari su “I confini della città”. Da questa esperienza e con lo stesso nome ha origine una nuova testata, nella forma di un giornale urbano che affianca la rivista per 22 numeri.

Dopo la morte di Michelucci e alcuni numeri di transizione il Comitato scientifico della Fondazione decide di operare una diversa articolazione di temi tra le due testate che si presentano come strumenti complementari. La rivista storica, diretta nella sesta serie da Carlo Cresti, avvia “una riflessione - a più voci e da differenti angolazioni - sull’odierno stato delle correnti, delle scuole, delle problematiche e delle vocazioni critiche, nell’ambito dell’architettura”. I dodici fascicoli della sesta serie esplorano temi inusuali su “Architettura e dintorni” e sviluppano la riflessione sulla cultura dell’architettura. A loro volta I Confini della città sviluppano un’attenzione puntuale nei confronti delle strutture sociali della città, con numeri monografici dedicati all’infanzia, all’anzianità, all’immigrazione che comprendono la condizione urbana e l’analisi del sistema dei servizi, e con altri numeri di riflessione sulle esperienze di progettazione partecipata e sulla evoluzione degli strumenti di pianificazione. Dopo la dolorosa perdita di Guido De Masi, Ernesto Balducci, Mario Gozzini e Domenico Cardini, la Fondazione ha rinnovato le sue strutture, i suoi organi dirigenti, i programmi delle sue attività. Dopo una lunga discussione matura nel dibattito del Comitato scientifico l’esigenza di riunificare le due riviste in un unico strumento di diffusione delle idee e delle ricerche. Nasce così la settima serie della rivista, giunta sino al numero 7.
Dal 2001, a seguito di alcune riorganizzazioni prevalemente sul piano grafico, inizia l'ottava serie attualmente in corso.