Il progetto vivente a cui Giovanni Michelucci ha dedicato più impegno negli ultimi 20 anni è stato la costituzione di una Fondazione con "lo scopo di contribuire agli studi ed alle ricerche nel campo dell'urbanistica e della architettura moderna e contemporanea, con particolare riferimento ai problemi delle strutture sociali, ospedali, carceri e scuole". Preceduta dalla realizzazione di un Centro Studi La Nuova Città a Fiesole e dal Centro di documentazione Giovanni Michelucci a Pistoia, la Fondazione viene costituita nel 1982 con la Regione Toscana ed i comuni di Pistoia e Fiesole. Nel testamento Michelucci la nomina sua erede universale. Nel 1999 aderisce alla Fondazione anche il Comune di Firenze.
Dopo oltre 25 anni di attività la Fondazione Michelucci si caratterizza come un originale e consolidato punto di riferimento nella ricerca/progetto sui temi dell'habitat sociale e del rapporto fra spazio e società. Lo spazio è l'indicatore sensibile attraverso cui la Fondazione legge le diverse dinamiche di trasformazione sociale e opera per realizzare l’intreccio fra il tema dello spazio urbano e abitativo e i temi della salute e dell’assistenza, della devianza e delle istituzioni totali, dell'immigrazione e della convivenza.
Oggi la Fondazione ha diversi cantieri di ricerca aperti in collaborazione con istituzioni culturali ed enti pubblici, da cui nascono progetti e proposte che cercano di innovare le strategie di intervento rispetto ai più scottanti problemi urbani.